خدمات ژنومیکس > سنتز پرایمر یا اولیگونوکلئوتید

 لطفاً جهت سفارش کلیک نمایید.

فهرست
  1. خدمات شرکت فزا پژوه
  2. انواع Scale همراه با OD 
  3. انواع Purification 
  4. انواع Degeneration Codes
  5. مشاهده فهرست Modification های موجود
  6. معرفی سنتز پرایمر
  7. نکات مفید
 
خدمات شرکت فزاپژوه
 
در حال حاضر محققان به کمک نرم افزارهای بیوانفورماتیک پرایمر های خودرا طراحی کرده و آنها را جهت سنتز برای شرکت های ارائه دهنده این خدمات ارسال می کنند و در نهایت پرایمرها پس از انجام تشریفات واردات، تحویل داده می شوند.
 
ما همراه با ارائه خدمات تعیین توالی از سال 1377 تا کنون، در حال ارائه خدمات سنتز پرایمر و پروب نیز هستیم. 
 
به کمک تیمی متخصص و با استفاده از سال ها تجربه، با افتخار خدمات خود را به صورت زیر ارائه می دهیم:
 
  1. دریافت سفارش ها به صورت Online از طریق پرتال مشتریان در سایت شرکت فزاپژوه.
  2. سنتز پرایمرها از کشور کانادا با کیفیت بسیار بالا.
  3. تحویل سفارش ها طی مدت 9  الی 15 روز کاری.
  4. ارائه سرویس ویژه با قابلیت تحویل 7 روزه در موارد اضطراری.
  5. تحویل پرایمر ها به صورت Lyophilized  (به صورت خشک) شرایط دمایی25-18. (لازم به ذکر است پس از رقیق سازی شرایط نگهداری پرایمر ها 20- درجه سانتیگراد می باشد.)
  6. تحویل Data Sheet  اختصاصی همراه هر پرایمر.
  7. قابلیت سنتز پرایمر های طویل ( Long Primer ) تا 100bp
  8. قابلیت سنتز پرایمر ها با Degeneration Codes بدون دریافت هزینه مازاد.
 
انواع Scale همراه با OD 
 
Guaranteed Minimum Yield Reaction OD Oligo Length Scale
OD 2 or 5 nmol Rcs<100 2-5 10-65 25nmol
OD 6 or 25 nmol Rcs<200 5-12 Any * 100nmol
OD 12 or 50 nmol Rcs<1000 12-20 Any * 200mol
OD 50 or 500 nmol Contact us OD>50 Any * 1000nmol=1micromol
Od 600 or 5000 nmol Contact us Contact us Any * 15000nmol=15micromol
 
 * oligo shorter that 10 bases are charged as 10-mers * 

مشخصات فوق مربوط به پرایمر های معمولی است، یعنی پرایمر های با طول متوسط 18 باز، نشاندار نشده و با متد خاص سازی PCR Grade.

لطفا توجه داشته باشید افزایش طول پرایمر، نشان دار نمودن پرایمر (Modification) و نیز همینطور استفاده از سایر متد های خالص سازی نظیر HPLC,PAGE,OPC باعث کاهش Guaranteed minimum yield خواهد شد. 

 

 
انواع Purification 
Purification
PCR Grade = Desalting = HPSF
OPC
HPLC
Page
 


توجه: با در نظر گرفتن کاهش میزان OD در پرایمر های نشاندار شده “ Modified / Purified Primer ”، در اینگونه موارد از پرایمرهای با مقیاس 100nmol و بالاتر استفاده نمایید. 


انواع Degeneration codes 
R = G or A
K = G or T
S = G or C
W = A or T
M = A or C
Y = T or C
D = G or A or T
V = G or A or T
B = G or T or C
H = A or T or C
N = G or A or  T  or C


 انواع Modification 
 
 
 
Phosphorothioated
oligonucleotides
(PTO)
 
Synthesis scale 1
μmole 0.2  2
μmole 1.0 3
 15μmole 4
توجه: جهت درخواست سایر Modification ها با ما تماس حاصل فرمایید. 

 
معرفی سنتز پرایمر

پرایمرPrimer یا الیگو نوکلئوتید Oligo nucleotide در زبان فارسی به معنای آغازگر می باشد که در زیست شناسی مولکولی به رشته‌ای از نوکلئیک اسید گفته می‌شود که برای آغاز همانندسازی DNA/RNA به‌کار می‌رود.
 
ساختار پرايمر از تكرار بازهاي آدنين ، گوانين ، سيتوزين و تيمين مي باشد. 
 
الیگو نوکلئوتید ها در بسیاری از آزمایش‌های بیولوژی مولکولی و بیوشیمیایی مانند :
 
Sequencing AMplification siRNA Cloning RT-PCR PCR
Small interfering RNA Antisense Oligonucleotid Synthesis of artificial genes Hybridization Mutation Detection Control Sequencing
 
و ... به کار می‌روند؛ این گونه پرایمرها بیشتر اولیگونوکلئوتیدهای کوتاهی با طول تقریبی ۱۸-۲۵ نوکلئوتید هستند. 
 
روند سنتز پرایمر (سنتز الیگونوکلئوتید) به این صورت است که بازها از سر 5’  یکی پس از دیگری به رشته اضافه می شوند. یکی از متدهای رایج سنتز پرایمر که بیش از 40 سال است از آن استفاده می شود، متد Phosphoramidite DNA Synthesis  می باشد که در ذیل به اختصار به آن اشاره می شود:  
 
در این روش اولین مونومر از انتهای 3’ خود با CPG  یا پلی استرین اتصال برقرار می کند و اضافه شدن مونومرهای بعدی از انتهای5’  آنها بوده که بواسطه یک اسید ناپایدار و گروه لیپوفیلیک تریتیل انجام می شود .
 
اتصال بازهای آدنین ، سیتوزین ، تیمین و گوانین همگی با همین متد انجام می گیرد.
 
 
 
 
مرحله اول : De-protection
در این مرحله گروه تریتیل به کربن 5’ قند پنتوز متصل می شود و با بلوکه کردن آن سبب پایداری می شود . 
 
مرحله دوم : Coupling 
در این مرحله مونومر فسفورامیدیته Phosphoramidite  در حضور تترازول به ساختار قبلی اضافه می شود. این ساختار سپس با گروه هیدوکسیل5’  اتصال برقرار کرده و لینک 5’ به 3’ شکل می گیرد. حضور تترازول موجب تکرار و ادامه این مرحله می شود.
 
مرحله سوم : Oxidation 
انجام اکسیداسیون باعث پایدار شدن لینک فسفات، در الیگو نوکلئوتید رو به رشد می شود. به نوعی این مرحله، تضمین کننده پایداری رشته در حال طویل شدن است.
 
مرحله چهارم : Capping 
در این مرحله تمام گروه های5’  هیدروکسیل آزاد ، به گونه ایی برگشت ناپذیر بلوکه می شوند.
 
Reference: http://en.wikipedia.org/wiki/Capping_step#Synthetic_cycle
 
 
 نکات مفید
 
طراحي پرايمر يا اليگو نوكلئوتيد معمولاً با استفاده از قوانين ساده انجام مي شود. چندين نرم افزار جهت طراحي پرايمر ساخته شده اند. یکی از این برنامه ها در سایت رایگان NCBI به نام “Primer Blast” موجود می باشد که دو ابزار Blast و طراحی پرایمر را یکجا گرد آورده است که از آن می‌توان برای بررسی اختصاصی بودن پرایمر در توالی  DNA  استفاده کرد.
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast
 
توجه: بطور معمول پرايمرهاي استفاده شده در PCR داراي طولي معادل 20 تا 30 نوكلئوتيد مي باشند. استفاده از پرايمرهايي با طول بيش از 30 نوكلئوتيد باعث افزايش کیفیت واكنش PCR نمي شود.
در صورت نیاز به پرایمر طویل ( Long primer ) تا 100bp ، شرکت فزاپژوه قادر به سنتز این گونه پرایمر ها نیز می باشد. به منظور کیفیت مطلوب در اینگونه خدمات پیشنهاد می شود از خالص سازی Purification HPLC استفاده شود. 
 
هنگام انتخاب پرایمر جهت PCR ، مهمترین اصول عبارتند از:
پرامرهایی انتخاب کنید که تقریباً 50% G-C  داشته باشند.
بیشتر توالی GC-rich در انتهای 5'- تمرکز داشته باشد.
توالی GC-rich را در انتهای 3'- استفاده نکنید. از طرف دیگر اگر دو باز انتهایی 3'- یک پرایمر  G یا  C  باشند (GC clamps)، نتیجه بهتری نسبت به پرایمر بدون GC clamps می دهند.
بعضی مطالب حاکی است که وجود تیمین در انتهای 3'- بیشتر از 3 باز دیگر باعث ایجاد خطا می شود. اگر هدف ایجاد جهش است، از 3 باز  A,G,C استفاده نکنید.
دمای ذوب دو پرایمر باید مشابه یا یکسان باشند.
در دمای Annealing پایین، احتمال وجود باندغیر اختصاصی بیشتر است. بنابراین  Tm یا نفطه ذوب پرایمر شما نباید خیلی پایین باشد.
همیشه پرایمر خود را از نظر تشکیل hairpin , loops , primer dimer کنترل کنید.
پرایمر خود را توسط GenBank نیز بررسی کنید.
اگر پرایمر شما برای بخش اینترون ژن یا قسمتهای غیرکدی طراحی شده است، دقت کنید که پرایمر طراحی شده شما از حالت اختصاصی خارج نشود. چون ممکن است با سایر توالی ها نیز جفت شود. Alu- و سایر تکرارها در اینترون ها به وفور دیده می شوند.
لطفاً توجه داشته باشید که مینیموم OD پرایمر های نشاندار به همراه متد خالص سازی مانند HPLC,Page,OPC به شدت کاهش می یابد، لذا در هنگام سفارش دقت داشته باشید که از Scale های بالاتر استفاده نمایید. به مثال زیر توجه نمایید:
مینیموم OD گارانتی شده یک پرایمر با Scale 1000 nmol در حالت عادی 50 است در صورتی که مینیموم OD گارانتی شده همان پرایمر به صورت نشاندار و همراه خالص سازی اضافه تا حدود 16 کاهش می یابد.
 
ما شما را در انتخاب پرایمر مورد نظرتان راهنمایی خواهیم کرد.
کپی از اطلاعات وب سایت فزاپژوه با ذکر منبع مجاز است.